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國工數(shù)據(jù)大腦之逆向合成預(yù)測在新冠藥物研發(fā)中的應(yīng)用
2022-03-10
行業(yè)新聞

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作者:國工智能研發(fā)部——周曉冬

概述:

日前,美國輝瑞公司研制出口服新藥Paxlovid(PF-07321332;利托那韋),輝瑞稱與安慰劑相比,新冠口服試驗藥物Paxlovid在出現(xiàn)癥狀后的三天內(nèi)服用,能將輕度和中度成年患者住院或死亡概率降低89%。就此,凱萊英與美國輝瑞公司簽訂相關(guān)產(chǎn)品新一批的《供貨合同》,將為輝瑞新冠抗病毒口服藥Paxlovid提供合同定制研發(fā)生產(chǎn)(CDMO)服務(wù)。
在CDMO服務(wù)中,優(yōu)化合成路徑是節(jié)約成本,提高生產(chǎn)效益的重要組成部分,但這一環(huán)節(jié)的實驗需要大量的投入,而借助國工智能數(shù)據(jù)大腦平臺中的逆向合成算法,只需輸入最終產(chǎn)物,便可生成該產(chǎn)物的合成路徑,既減少了時間成本和資金投入力度,同時也降低了實驗伴隨的風(fēng)險。
平臺優(yōu)勢:

逆向合成需要對目標(biāo)分子的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,將復(fù)雜結(jié)構(gòu)簡單化,每步過程逆推合理,就可以得出合理的藥物合成工藝的路線。這就需要研究人員具備具有較強的綜合能力,其中包括熟練掌握有機化學(xué)的基本反應(yīng),對反應(yīng)的運用及組合能力強。以及對化學(xué)品市場有充分的了解等。因此數(shù)據(jù)大腦平臺有以下幾點優(yōu)勢:
1.逆向合成算法合成路徑可顯示每步反應(yīng)的參考的文獻(xiàn)來源,有利于技術(shù)人員追根溯源,這樣即使不具備專業(yè)化學(xué)知識的人員也可以輕松通過算法進(jìn)行逆推。操作簡單,即使不懂算法原理的也能輕松上手操作。
2.模型具有較強的泛化能力。也就是說,當(dāng)數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)足夠多時,該算法對未知的具有相似結(jié)構(gòu)的目標(biāo)化合物也能給出相似的反應(yīng)路徑。國工智能在化工行業(yè)深耕多年,有著較為龐大的數(shù)據(jù)庫,為逆向合成算法提供了堅實的基礎(chǔ)。
3.合成路徑可根據(jù)用戶喜好靈活調(diào)整。當(dāng)算法生成的合成路徑不符合用戶預(yù)期時,可定點修改合成路徑。
4.具有自動泛化新增化學(xué)反應(yīng)的能力。在研究人員的實驗過程中可以持續(xù)給該模型以反饋,不斷的去修正模型的推薦路線,沉淀研究人員的合成經(jīng)驗,形成一個符合客戶研發(fā)習(xí)慣模型。借助該模型后續(xù)的研究人員可以快速的掌握前人所留下的寶貴的研發(fā)經(jīng)驗資源。這樣就可以使經(jīng)驗源源不斷的積累,同時模型也可以更加貼合用戶的合成習(xí)慣。
5.可以與國工智能化學(xué)研發(fā)平臺進(jìn)行聯(lián)動,實現(xiàn)自動分配實驗任務(wù),自動計算優(yōu)化目標(biāo)化合物結(jié)構(gòu),自動進(jìn)行化學(xué)反應(yīng)收率優(yōu)化,從而實現(xiàn)人工智能加速化學(xué)研發(fā)。
本次案例就輝瑞公司新藥Paxlovid進(jìn)行逆向合成的結(jié)果展示。

預(yù)測過程:

首先打開國工數(shù)據(jù)大腦平臺。依次進(jìn)行操作:機器學(xué)習(xí)-->工作臺—>新建逆向合成計算流程—>拉取逆向合成組件(圖1)


圖1

然后,進(jìn)行組件配置。資源項選擇逆向合成云服務(wù),分子式填入?yún)⑴c反應(yīng)的相關(guān)反應(yīng)的SMILES表達(dá)式,并按照相應(yīng)規(guī)則填入,如圖2所示。最后點擊調(diào)試,當(dāng)顯示運行成功時即表示運行預(yù)測算法成功,平臺會將預(yù)測結(jié)果展現(xiàn)給用戶,結(jié)果如圖3所示。


圖2

分析結(jié)果:


圖3


圖4

如圖4所示,每部反應(yīng)點擊紅框1中的黑點,可以展示反應(yīng)物的詳細(xì)信息如圖6所示,和該步反應(yīng)可參考的文獻(xiàn)鏈接如圖5所示。


圖5

如圖5所示,點擊文獻(xiàn)鏈接可查看專利文獻(xiàn)詳情。


圖6

如圖6所示,可以查詢到該分子式的相關(guān)化學(xué)信息。

適用范圍:

化工、生物、醫(yī)藥等多個領(lǐng)域的研發(fā)實驗室以及各大高校的實驗室等。

逆向合成現(xiàn)在已經(jīng)向化工領(lǐng)域研發(fā)人員開放,按照下面地址注冊就可以使用。

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